Le laboratoire BIRL

Bioinformatics Research Laboratory, recherche en bioinformatique

Jean-Yves Trosset

Responsable : Jean-Yves TROSSET

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  • Date de création : 2011

Dernière publication

Trosset J-Y, Carbonell P., "Synergistic Synthetic Biology : Unites in cancer", Frontiers in Bioengineering and biotechnology. Vol. 1, n°4, 2013, p.1-11.

Description

laboratoire de Biotechnologie Informatique de Sup'Biotech

Le BIRL est le laboratoire de recherche en bio-informatique de Sup’Biotech, créé en 2011. A l’interface avec la recherche pharmaceutique, le BIRL développe des plateformes in silico de chimie informatique et de modélisation moléculaire pour la recherche de petites molécules d’intérêt thérapeutique. Le laboratoire est particulièrement intéressé au développement de techniques d’analyse multi-fonctionnelle des relations structures-activités pour les familles de protéines dans le but de créer des inhibiteurs sélectifs à chacun des membres de cette famille de cibles thérapeutiques. Le transfert de connaissance entre molécules anti-cancéreuses et molécules anti-paludiques est une application de ces techniques. Le développement de ces plateformes in silico a pour but de promouvoir la synergie entre le savoir-faire industriel et le développement d’outils technologiques spécifiques à la recherche académique.

Les partenaires du BIRL

MEDIT SA : Plateforme chimie informatique et comparaison large échelle des protéines
ThistleSoft Inc : Plateforme de criblage virtuel
Boston de novo Design Inc : de novo Design de nouvelles molécules thérapeutiques.

Axes de recherche

1) Les inhibiteurs sélectifs pour les familles de protéines

La plateforme de chimie-protéomique est développée pour des grandes familles de protéines telles que les kinases et autres grandes familles de cibles thérapeutiques. Une comparaison à large échelle des structures des sites de liaisons permet de sélectionner les zones du site actif qui confère la spécificité et/ou l’affinité aux médicaments. Une approche « fragment » des inhibiteurs connus permet de construire des chimiothèques spécifiques de la famille au sein d’un même organisme comme c’est le cas par exemple pour le cancer ou entre différents organismes pour soigner les maladies infectieuses. L’utilisation de la plateforme de "drug design" aux kinases humaines et celles du plasmodium permet de créer des nouvelles molécules anti-paludiques à partir d’inhibiteurs de kinase humaine utilisés contre le cancer.

Cette plateforme est utilisée et développée aussi pour les familles de protéines intervenant dans la régulation du code épigénétique (bromodomaines).

2) Synergie des voies biologiques

La synergie est un concept général qui trouve des applications innovantes en biologie et en recherche pharmaceutique. Stimuler la synergie des voies métaboliques d’une cellule permet d’amplifier par exemple la production de composés industriels à partir de micro-organismes ou d’améliorer l’efficacité des médicaments et de lutter contre les mécanismes de résistance. Le travail de synergie dans les voies de signalisation, en collaboration avec le laboratoire CellTech, permet aussi de rechercher des petites molécules induisant la différentiation ou la pluri-potence des cellules souches. Cet axe de recherche est développé en collaboration avec le Prof. P. Carbonell de l’Institut de Biologie Systémique et Synthétique (ISSB) de l’université d’Evry-Val d'Essonne.

Ref : www.frontiersin.org/synthetic_biology/10.3389/fbioe.2013.00011/abstract



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