Portait : Jean-Yves Trosset / Un département bioinformatique

Depuis le 1er septembre, Jean-Yves Trosset est le responsable des projets du nouveau département "bioinformatique" de Sup’Biotech. Une arrivée qui sera l’occasion d’un rapprochement avec les autres écoles du campus IONIS.

Jean-Yves Trosset :  « Nous allons lancer dès cette année des projets étudiants pour la "bioinformatique". Le but de ces projets est de former ces étudiants à toutes ces approches quelque soit l’option choisie : R&D, production ou marketing. Ces projets vont aussi être un outil au quotidien : nous leur apprendrons à manipuler les techniques informatiques, à les adapter pour répondre à des thématiques nouvelles. Ce sont des projets à long terme sur plusieurs années qui peuvent servir de tremplin pour la recherche de stage ou pour une première embauche à la sortie de l’école.

Il est peut-être utile de redéfinir la bioinformatique pour ceux qui connaissent mal ce domaine. La bioinformatique (au sens très, très large) traite non seulement de  l’analyse des séquences de gènes, de structures moléculaires, mais aussi de l’application des techniques de l’information dans le domaine du vivant, de l’analyse statistique à la communication : elle s’intéresse aux méthodes de traitement de l’image et des techniques du web.

Nos étudiants utilisent déjà l’informatique au quotidien mais sans se rendre compte que les techniques mathématiques utilisées pour rechercher un gène dans un génome ne sont pas très différentes de celles utilisées pour rechercher un texte dans Google. Je ne vous prends pas l’exemple de Google au hasard. Ce matin, nous avons fait un TP où l’on a abordé ce problème avec les concepts de la physique : que l’on traite d’un atome ou d’un mot dans un texte, tout est objet et le mot se traite comme l’atome, le mot interagit avec son environnement comme l’atome. Le vocabulaire d’une nouvelle discipline peut effrayer mais le fonctionnement est simple: nous utilisons la sémantique d’un domaine pour la transposer dans un autre.

Ainsi, trouver l’emplacement optimum des antennes Wifi dans un aéroport ou sélectionner les sous ensemble optimaux de réactifs pour une expérience de chimie combinatoire n’est qu’une variante d’un même algorithme.

La bioinformatique est donc à la croisée de plusieurs domaines : les techniques de l’information, recherche opérationnelle bien sur, mais aussi la physique, les statistiques sans oublier la biologie qui nous conduit vers une vision globale des choses.

L’importance croissante de l’ordinateur dans les disciplines du vivant ne peut-être ignorée. Cette science se trouve à la croisée de plusieurs domaines : j’ai pour ma part une formation universitaire en chimie physique mais j’ai pris goût pour les méthodes d’optimisations lors de mon séjour aux Etats Unis où j’ai développé des algorithmes d’appariement de protéines. A Milan en Italie, je découvre la recherche pharmaceutique : le monde des petites molécules où tout les problèmes de chimie informatique et de modélisation moléculaire peuvent se résumer à : « comment retrouver une aiguille dans une motte de foin », c’est-à-dire trouver la molécule active !

Nous avons donc crée ce laboratoire de bioinformatique. Il existe une volonté réelle de créer des synergies entre les différentes écoles du campus (EPITA & Epitech) : il y aura donc des passerelles, des projets communs qui feront appel aux laboratoires spécialisés de ces deux écoles » La présence d’Epita, Epitech et pourquoi pas e-artsup est donc une chance pour Sup’Biotech. La « bioinformatique » peut s’ouvrir à des expertises nouvelles grâce à ces écoles.

Il y aura aussi des projets de recherche en chimie informatique et  « drug design » avec en vue des applications dans le monde thérapeutique mais aussi cosmétique, agronomique ou autre, selon le désir des étudiants".